資金調達が難しい：株という仕組みがなく出資者＝社員となるため、外部の一般の人等から出資を募ることが出来ません。出資してくれる人に新たに社員になってもらう方法がありますが、1人1票制の社員を増やすことは経営の不安定化をもたらすリスクを伴います。また増資には登記が必要で、費用と手間がかかります。社債の発行は可能ですが、小規模会社の社債の買い手を見つけることは困難です。

上場出来ない：株という仕組みがありません。

認知度が低い：株式会社より低く見られる可能性があります。

社員全員が業務執行権を持つ：意見の対立が起きると意思決定が停止するリスクがあります。

代表者の肩書き：代表取締役ではなく「代表社員」となります。

閉鎖的な会社という印象を持たれる可能性があります。

決算公告義務がない：公告費用がかからないというメリットがある反面、会社の内実が不透明となるため、新規取引されない可能性があります。

組織変更時の手間・費用：将来的に株式会社への組織変更は出来ますが、組織変更を考えるほど会社の規模が大きくなった状態から組織変更を行うのは、結構な手間と費用がかかります。